학력

2016 - 2018: 서울대학교 생명과학부 이학박사
2014 - 2016: 서울대학교 생명과학부 이학석사
2010 - 2014: 고려대학교 환경생태공학부 이학사

경력

2024.09 – 현재: 조선대학교 환경공학과 조교수
2024.07 – 2024.08: 서울대학교 의학연구원 책임연구원
2023.03 – 2024.06: 충북대학교 생명시스템학과/생태환경독성연구소 박사후연구원
2022.03 – 2023.02: 제주대학교 아열대열대생물유전자은행센터 박사후연구원
2021.08 – 2022.02: 한국수자원공사 수질안전처/물환경안전처 선임위원
2021.04 – 2021.08: 극지연구소 생명과학연구본부 박사후연구원
2019.08 – 2021.03: 영국 맨체스터 대학(University of Manchester) 지구환경과학부 박사후연구원
2018.03 – 2019.02: 서울대학교 생명과학부 박사후연구원

학회활동

2024.09 – 현재: Journal of Microbiology and Biotechnology (JMB), Junior Editorial Review Board Member
2023.01 – 현재: 한국환경유전자학회 교육홍보위원

주요연구분야

○ 환경미생물학
○ 미생물생태학
○ 생물정보학
○ 미생물유전체학
○ 마이크로바이옴

연구주제소개

○ 토양환경: 토양 미생물 군집 및 메타유전체 연구
- 강수량, 양분 농도 등 환경 요인에 따른 토양 미생물의 생존 전략 규명
- 산림, 개발지, 복원지의 토양 미생물 군집 및 메타유전체 비교를 통한 토양 건강성 평가

○ 대기환경: 바이오에어로졸 연구
- 토지 이용도에 따른 바이오에어로졸(세균, 진균 포자, 꽃가루 등) 조성 차이 연구
- 계절 및 바람 궤적에 따른 도심지 대기 미생물 군집 변화 연구

○ 물환경: 미생물 기반 오염원 추적
- 하천 분변 오염원 추적을 위한 미생물 군집 데이터베이스 구축 및 평가
- 미생물 군집 및 메타유전체 분석 기반의 오염원 추적 기술 개발 및 적용

○ 항생제 내성 유전체 연구
- 미생물 유전체 분석을 통한 환경-사람-동물 간 항생제 내성 전파 기작 규명
- 머신러닝 기반 다환경 내 신규 항생제 내성 유전자 탐색 및 멀티오믹스 기반 내성 기전 규명

○ Host associated 미생물 연구
- 인체 장내 미생물 군집 구조를 기반으로 한 단쇄지방산 생성량 예측 모델 개발
- 극지어류 및 깔따구의 미생물 군집 분석을 통한 생존 전략 파악
- 포란에 따른 박새 알표면 미생물 군집 변화 연구
- 질병 관련 미생물 연구 (위암 관련 장내 미생물, 카바페넴 내성 Acinetobacter Baumannii, ESBL E. coli, ETBF 등)

연구비수주

2023.06 – 2026.05: 머신러닝 기반 신규 항생제 내성 유전자 탐색 및 멀티오믹스 기반 내성 기전 규명 (한국연구재단)
2018.06 – 2019.02: 부화 전 둥지 내 미생물 군집이 유조의 총배설강 미생물 군집 및 유조의 성장에 주는 영향: 메타지노믹스 (metagenomics)를 통한 접근 (한국연구재단)

연구실적

○ SCI/SCIE급 학술지
27. H. S. Sim^#, Y.-K. Kwon^#, H. Song^#, G.-S. Hwang*, and J. Yeom* (2025). Regulation of Antibiotic Persistence and Pathogenesis in Acinetobacter baumannii by Glutamate and Histidine Metabolic Pathways. BMC Microbiology. ^#: co-first authors
26. F. Q. Brearley, H. Song, B. M. Tripathi, K. Dong, N. M. Zin, A. R. A. Rachman, K. Ickes, J. M. Adams*, and M. S. Luskin* (2024). Wild pigs influence tropical forest soil microbial communities in a forest-agriculture mosaic landscape. Forest Ecology and Management.
25. H. Song and T. Unno* (2024). A comprehensive database of human and livestock fecal microbiome for community-wide microbial source tracking: a case study in South Korea. Applied Biological Chemistry.
24. H. Song, J. S. Yoo, and T. Unno* (2024). Discerning the dissemination mechanisms of antibiotic resistance genes through whole genome sequencing of extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing E. coli isolated from veterinary clinics and farms in South Korea. Science of The Total Environment.
23. R. Muhammad, C. Boothman, H. Song, J. R. Lloyd, and B. E. van Dongen* (2024). Assessing the impacts of oil contamination on microbial communities in a Niger Delta soil. Science of The Total Environment.
22. D. Kerfahi, Y. Shi, B. Wang, H. Song, H. Chu, and J. M. Adams* (2023). Environmental similarity is more important than distance in community structuring processes of AOA in agricultural soils. Pedosphere.
21. J. Ha, K. Lee, E. Yang, W. Kim, H. Song, I. Hwang, L. Lee-Cruz, J. Park, J. Song, C.-R. Park, W. Lee, P. Jablonski*, and S.-I. Lee* (2023). Unlearned adaptive responses to heterospecific referential alarm calls in two bird species from separate evolutionary lineages. Scientific Reports.
20. H. Song, K Lee, I. Hwang, E. Yang, J. Ha, W. Kim, S. Park, H. Cho, J. Choe, S. Lee*, and P. Jablonski* (2023). Dynamics of bacterial communities on eggshells and on nest materials during incubation in the Oriental tit (Parus minor). Microbial Ecology.
19. H. Song, S. Lee, D.-W. Han, and J.-H. Kim* (2022). Characterization of the Gut Microbiota of Mackerel Icefish, Champsocephalus gunnari. Fishes.
18. H. Song, W.-S. Kim, J.-W. Park, and I.-S. Kwak* (2022). Identification of Bacterial Communities in Laboratory-Adapted Glyptotendipes tokunagai and Wild-Stream- Inhabiting Chironomus flaviplumus. Microorganisms.
17. D. Kerfahi, K. K. Newsham, K. Dong, H. Song, M. Tibbett, and J. M. Adams* (2022). Enduring legacy of coal mining on the fungal community in a High Arctic soil after five decades. Pedosphere.
16. H. Song, N. Marsden, J. R. Lloyd*, C. H. Robinson, C. Boothman, I. Crawford, M. Gallagher*, H. Coe, G. Allan, and M. Flynn (2022). Airborne Prokaryotic, Fungal and Eukaryotic Communities of an Urban Environment in the UK. Atmosphere.
15. H. Song, D. Jeon, and T. Unno* (2022). Evaluation of Prebiotics through an In Vitro Gastrointestinal Digestion and Fecal Fermentation Experiment: Further Idea on the Implementation of Machine Learning Technique. Foods.
14. W. Xiu, T. Ke, J. R. Lloyd, J. Shen, N. M. Bassil, H. Song, D. A. Polya, Y. Zhao, and H. Guo* (2021). Understanding Microbial Arsenic-Mobilization in Multiple Aquifers: Insight from DNA and RNA Analyses. Environmental Science & Technology.
13. J. Ha, K. Lee, E. Yang, W. Kim, H. Song, I. Hwang, J. Park, C.-R. Park, S.-I. Lee*, and P. Jablonski* (2021). Corvid predators may be attracted to parental alarm calls that trigger fledging of nestlings in Oriental Tits (Parus minor). The Wilson Journal of Ornithology.
12. L. Newsome*, C. G. Bacon, H. Song, Y. Luo, D. M. Sherman, and J. R. Lloyd (2021). Natural attenuation of lead by microbial manganese oxides in a karst aquifer. Science of The Total Environment.
11. H. Song, D. Kerfahi, K. Takahashi, S. L. Nixon, B. M. Tripathi, H. Kim, R. Tateno*, and J. Adams* (2020). Metagenomic analysis reveals rapid development of soil biota on fresh volcanic ash. Scientific reports.
10. H. Song, I. Crawford, J. R. Lloyd*, C. H. Robinson, C. Boothman, K. Bower, M. Gallagher*, G. Allen, and D. Topping (2020). Airborne bacterial and eukaryotic community structure across the United Kingdom revealed by high-throughput sequencing. Atmosphere.
9. J. Ha, K. Lee, E. Yang, W. Kim, H.-K. Song, I. Hwang, L. Lee-Cruz, S.-I. Lee* and P. Jablonski* (2020). Experimental study of alarm calls of the oriental tit (Parus minor) toward different predators and reactions they induce in nestlings. Ethology.
8. H.-K. Song, D. Singh, K. W. Tomlinson, X. Yang, O. M. Chidozie, J. W. F. Slik* and J. M. Adams* (2019). Tropical forest conversion to rubber plantation in southwest China results in lower fungal beta diversity and reduced network complexity. FEMS Microbiology Ecology.
7. M. C. Ogwu, D. Kerfahi, H. Song, K. Dong, H. Seo, S. Lim, S. Srinivasan, M. K. Kim*, B. Waldman and J. M. Adams* (2019). Changes in soil taxonomic and functional diversity resulting from gamma irradiation. Scientific Reports.
6. M. C. Ogwu, K. Takahashi H. Song, K. Dong*, I. Moroenyane, B. Waldman and J. M. Adams* (2019). Fungal Elevational Rapoport pattern from a High Mountain in Japan. Scientific Reports.
5. H.-K. Song, Y. Shi, T. Yang, H. Chu, J.-S. He, H. Kim, P. Jablonski* and J. M. Adams* (2019). Environmental filtering of bacterial functional diversity along an aridity gradient. Scientific Reports.
4. J. M. Ha, K. Lee, E. J. Yang, W. J. Kim, H. K. Song, I. J. Hwang, S. I. Lee* and P. G. Jablonski* (2018). Effect of nestlings’ age on parental responses to a predatory snake in Parus minor. Behaviour.
3. H.-K. Song, W. Song, M. Kim, B. M. Tripathi, H. Kim, P. Jablonski and J. M. Adams* (2017). Bacterial strategies along nutrient and time gradients, revealed by metagenomic analysis of laboratory microcosms. FEMS Microbiology Ecology.
2. S. Choi, H. Song, B. M. Tripathi, D. Kerfahi, H. Kim and J. M. Adams* (2017). Effect of experimental soil disturbance and recovery on structure and function of soil community: a metagenomic and metagenetic approach. Scientific Reports.
1. H.-K. Song, S. Sonkaria, V. Khare, K. Dong, H.-T. Lee, S.-H. Ahn, H.-K. Kim, H.-J. Kang, S.-H. Lee, S. P. Jung and J. M. Adams* (2015). Pond Sediment Magnetite Grains Show a Distinctive Microbial Community. Microbial Ecology.

○ SCOPUS 등재 학술지
1. E. Yang, K. Lee, J. Ha, W. Kim, H.-K. Song, I. Hwang, S.-I. Lee* and P. Jablonski* (2018). Affordable method of video recording for ecologists and citizen-science participants. Journal of Ecology and Environment.

○ KCI 등재 학술지
1. S. Lee, P. T. Nguyen, D. W. Han, H. K. Song, and J. H. Kim* (2023). Effect of water temperature, fish age and MS-222 concentration on the anesthetization of river pufferfish, Takifugu obscurus. Korean Journal of Ichthyology.

담당교과목

1학년 : 신입생세미나(1학기), 창의적공학설계(2학기)
2학년 : 환경생물학(1학기), 환경미생물학(2학기)
3학년 : 환경생태학(1학기), 바이오에너지학(1학기), 환경응용미생물학실험(2학기)
4학년 : 캡스톤디자인1(1학기), 환경영향평가(2학기)

실험실

저희 연구실은 유전체 분석을 통해 다양한 환경 속 미생물의 생존 전략을 이해하고 인간을 포함한 다양한 생물과의 상호작용을 연구하는 데 중점을 두고 있습니다. 최근에는 미생물 유전체 정보를 기반으로 유용한 머신러닝 모델도 개발하고 있습니다. 공동 연구, 연구실 인턴 활동 또는 대학원 입학에 관심이 있는 분들의 문의를 환영합니다.

주소: 공과대학2호관 4212호 환경생태 및 미생물 실험실
국문홈페이지: https://songeeml.wordpress.com/
영문홈페이지 (homepage): https://songeemlenglish.wordpress.com/